ولد الشيخ ماء العينين في الحوض الشرقي من بلاد شنقيط يوم الثلاثاء السابع و العشرين من شهر شعبان عام ستة و أربعين بعد المأتين و الألف هجرية موافق للحادي من شهر فبراير من سنة 1831 ميلادية ، نشأ في بيت علم و تقوى ينهل من علم والده الشيخ محمد فاضل ومن المشايخ فحفظ القرآن برواية ورش و هو ابن عشر سنين ثم أعاد حفظه بالروايات السبع ، و حفظ المتون الفقهية كمختصر الخليل وجد في تلقي معظم العلوم الدينية و صنوف الأدب مما مكنه من التدريس في مدرسة والده برهة من الزمن.

بعد أن إجازة والده ارتحل الشيخ داعيا في سبيل الله ،فكان أول سفره الحج الى بيت الله الحرام سنة 1274 للهجرة الموافق للسنة 1858 ميلادية و قد مر خلال رحلته بمجموعة من المدن المغربية وقابل السلطان مولاي عبد الرحمان الذي خصه بكريم اللقاء و جهزه بأحسن جهاز ويسر له سبل السفر.، وصل الشيخ ماءالعينين إلى مكة و دخلها عام 1274 للهجرة. بعد عودته من الحج قدم على قبيلة تجاكانت ثم انتقل الى تندوف ليلاقي العالم محمد المختار بن الأعمش الجكني، بعد ذالك اتجه الى الساحل ليلاقي قبيلتي العروسيين و أولاد دليم فأستقبلوه بالغ الأستقبال وألحوا عليه بالمقام عندهم.
وهو موسس مدينة السمارة بدأ الشيخ في بناء مدينة السمارة سنة 1898 ميلادية لتكون بذالك حاضرة الإشعاع العلمي و الثقافي في الصحراء.
امتازت علاقة الشيخ ماءالعينين بملوك المغرب بخصوصية و احترام متبادل، فأثناء حجه الأول التقى بالسلطان عبد الرحمان في مكناس فجالسه و حادثه و أكرمه ويسر له طريق الحج. كما أرسل السلطان سيدي محمد الى الشيخ كي يقدم عليه في مراكشسنة 1873 م فاستقبله بما لا يوصف من الحفاوة و التكريم و أنزله المنازل الفاخرة و أهدى له الهدايا الكثيرة، كماأرسل السطان الحسن الأول الى الشيخ فجاءه في مراكش و جريا على نهج سلفه استقبله و أهداه الهدايا النفيسة.و استمرت علاقته بالسلطانيين عبد الحفيظ و عبد العزيز علاقة تكتسي طابه التشاور و الاحترام.
مع بداية القرن العشرين أصبحت الأطماع الفرنسية في احتلال بلاد شنقيط، فعمل الشيخ من السمارة على تأطير القبائل و استنفارها فألف كتابه بيان من حارى في أمر النصارى و أرسل ابنيه الشيخ الطالب اخيار و الشيخ حسن الى ولاية الترارزة. و قدم اليه وجهاء القبائل و أمراء شنقيط للتنسيق و المشاركة في حملته، و بما أن الخطر كان يداهم المغرب الأقصى بأسره فقد أرسل الشيخ ماء العينين إلى السلطان المغربي يريد الدعم و المؤازرة. وهو معوف كونه اول من قاوم المستعمر الاجنبي بالصحرء بعد ان قاوم بموريتانيا وله العديد من المولفات في جميع المجالات

توفي الشيخ ماءالعينين منتصف ليلة الثلاثاء 21 شوال سنة 1328 للهجرة الموافق ليوم 11 أكتوبر 1910 في مدينة تيزنيت و دفن هناك .